南京证券创建于1990年12月，由中国人民银行南京分行发起设立，与新中国资本市场“同龄”。1995年，南京证券划归南京市人民政府管理。2012年，南京证券完成股份制改造，变更为股份有限公司。2015年10月，南京证券成功挂牌全国股转系统。